2週目
シナリオをクリアするとP3・P4いずれかのクリアがセーブデータに表示される。
引き継ぎデータ
- 引き継がれるデータ（引き継がない選択もできる）
- ペルソナ全書
- 主人公と仲間たちのステータス
- 所持金
- アイテム
- その他一部のデータ
- マップデータ（別途引き継がない事も可能）
- 引き継がれないデータ
- 一部貴重品（パトスレコーダー等も再度取り直す必要がある）
- 所持ペルソナデータ（初期ペルソナのみになるため、辞書に登録しておく事）
クリア特典
P3もしくはP4ルートクリア
刈り取る者を撃破する依頼が発生する。
ゼウスを解放するための依頼が発生する。
P3・P4クリア
エンディングに集合写真のシーンが追加される。
エンディング後、テオドア・エリザベス・マーガレットの3人と戦闘する依頼が発生する。